前身是日产汽车足球部（Nissan FC），1972年创立，球队总部设在日本横滨，后在1999年与横滨飞翼（Yokohama Flugels，音译：夫留吉尔斯，前身是全日空队）合并。主场是横滨国际综合竞技场，现称为日产体育场，球场设有73,237个座位，是目前日本容量最大的体育场，也是2002年世界杯决赛场地。1989年中国唯一一次夺得亚俱杯（亚冠联赛前身）冠军的辽宁东药足球俱乐部决赛中所击败的对手就是该队的前身日产汽车足球部（当时音译为尼桑队）。
　　球队成立初时与高校及大学足球队进行比赛。1988年和1989年夺得日本足球联赛冠军及五次获得天皇杯，在1992年及1993年更夺得亚洲杯赛冠军杯。1991年加入日本职业足球联赛，将队名改为横滨水手（Yokohama Marinos）。1999年因为与横滨飞翼合并，由原本“Yokohama Marinos”改为“Yokohama F. Marinos”（F代表了横滨飞翼的名称“Yokohama Flügels”），球队曾夺得 3 次日本职业联赛总冠军（1995，2003，2004年），于2003年更以两个阶段联赛冠军成为总冠军。2006年联赛横滨水手只能取得第九名的成绩，总教练冈田武史则选择离队，由曾经于1995年担任总教练早野宏史走马上任，与此同时两名主将奥大介及久保龙彦亦转会至同市球会横滨FC。