2003年初，上海闸北区体育局下属的精文足球学校不少学员即将毕业，于是闸北区体育局决定以精文足球学校的学员为班底，组建俱乐部参加当年的全国足球乙级联赛，以解决学员的出路问题。在副局长边海宝的运作下，与闸北区国资企业上海金贸资产管理公司董事长傅伟民达成共识，由金贸出资、精文出人、闸北体育场提供场地共同组建了上海金贸足球俱乐部。但在联赛开赛前，上海金贸接到上级主管单位的指示，从俱乐部控股位置退出。上海衡源企业发展有限公司及时接手了俱乐部，形成了上海衡源控股，上海金贸、闸北体育局、闸北体育场为股东的新俱乐部——上海衡源足球俱乐部，确保了球队能顺利参加联赛。
 　　
        2003年底，在闸北区体育局的引荐下，上海衡源足球俱乐部与南昌市体育局有了接触。

 　   2004年初，上海衡源足球俱乐部出资买下解放军八一青年队，并将主场移至南昌八一体育场。 　

        2011年，亚足联对中超各俱乐部赛场进行第二次复查时，南昌八一体育场与首次检查时一样未能通过审核；此外，闸北区在上海世博会召开前拆除了闸北体育场。
　　
         2012年初，上海衡源足球俱乐部考察了上海金山足球场、源深体育中心体育场和江西省奥林匹克体育中心后；综合考虑，俱乐部决定将新赛季主场将放在上海金山足球场，训练基地则放在位于奉贤的洪庙基地；此外，球队名也更名为上海申鑫足球队。